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管理部门

院长办公室

党办、监察室

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科研办

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后勤服务中心

综合职能部门

分析实验室

市场（投资）发展部

《环境污染与防治》杂志社

科研部门

环境政策与标准研究所

工程技术研究中心(承担水污染控制中心和重点实验室)

国家环境保护水污染控制工程技术(浙江)中心

浙江省环境污染控制研究重点实验室

业务部门

环评一所、环评二所

环境咨询中心(浙江省清洁生产中心)

下属公司

环境监理中心(监理公司)