2002年2月，国家环境保护水污染控制工程技术（浙江）中心经原国家环境保护总局批准筹建，由浙江省环科院负责运行。中心自2004年10月9日通过验收以来，经过四年多努力，已经发展成为推动环境科技成果工程化、产业化，大力培养科技创新人才，以及组织科技交流与合作的重要基地。同时，中心也是环保科技创新体系和环保技术开发基础平台的重要组成部分。近年来，中心在增强环保技术开发能力、推进技术成果转化和产业化、促进环境科技与经济的结合，推进我省环保工作等方面发挥了积极作用。2008年10月，中心顺利通过了环保部科技司组织的现场评估。

目前，中心主要在城镇污水处理与资源化、化工废水处理与资源化、制药废水处理与资源化、造纸废水处理与资源化、印染废水处理与资源化、制革废水处理与资源化、食品废水处理与资源化方面取得了共性关键性技术的突破，建立了上述行业废水处理与资源化的示范工程。通过技术研发与示范推广，为相关行业的污染控制发挥了积极作用。为进一步推动技术成果的工程化和产业化，中心与相关单位合作建立了造纸、制革等行业污染治理的示范基地，并建立了环保设备材料产业化基地、环保功能产品与材料产业化基地等产业基地，积极开展絮凝剂、高效菌剂、环境材料等方面的生产与销售。