中心负责国家环境保护水污染控制工程技术（浙江）中心、浙江省环境污染控制技术研究重点实验室、浙江省环保公共科技创新服务平台水平台的建设任务。中心主要研发污染防治与生态保护的共性技术和关键技术，解决重大环境技术问题；承担污染防治的工程，提供专业、系统的环保技术咨询与服务；同时为政府提供区域、流域重大环境问题的技术决策依据。多年来中心相继研究成功城镇污水高负荷除磷脱氮技术等多项污水处理实用技术及产品，获得了国家发明专利、国家重点环境保护实用技术、国家、省环保科技进步奖十余项，环境污染治理综合技术已达国内领先水平。

浙江省环境污染控制技术重点研究实验室于2000年申报立项，2003年通过验收，2003年、2006年两次通过评估。近年来，实验室承担了《城镇污水处理新技术与装备国产化、成套化研究及示范》等一批省重大、重点科研攻关项目，以及《强化脱氮的改进生物滤池研究》等一批重点、面上科研项目。近年来，重点实验室充分发专家作用，特聘了刘鸿亮、蔡道基、金鉴明三位院士。不断完善科研队伍，充分吸收人才，在污染控制的不同研究领域与研究方向已具有一定的科研水平，能够解决一些重大环境问题中的关键、共性技术。根据原国家环保总局环函〔2002〕47号文，我院承担了国家环境保护水污染技术(浙江)中心的建设任务。“十一五”期间，技术中心积极落实“十一五”能力建设专项规划，主要在污水高负荷处理技术与成套化装备、脱氮除磷技术、难降解有机废水处理技术、污泥处理技术等方面展开了重点研究，并为全省环境管理提供了必要的技术支持。2008年，技术中心顺利通过了环境保护部组织的专家评审。